В декабре 1903 г. Нестор Карлович был отпущен на лечение в Ментон (юг Франции), где 28 января (10 февраля) он скоропостижно скончался. Последние дни его жизни описаны в письме от 10 февраля 1904 г. его дочерью Марией: «Он умер в полном одиночестве и всеми покинутый. Но, правда, он сам так хотел, не желая никого взять с собой […]. Он надеялся на выздоровление и писал мне всего за два дня до смерти о намерении вернуться в мае и позаботиться обо всём […]. В половине седьмого пополудни он был ещё вполне бодр и здоров, но, когда горничная вошла в комнату в 19.30 с водой для полоскания, она нашла его лежащим на ковре в крови. Он был ещё жив. Немедленно был вызван врач, но он так и не открыл глаз». Похоронили Нестора Карловича там же, в Ментоне. В 1994 г. его могила была найдена живущим в Париже правнуком Нестором Несторовичем Генко (р. 1938). На белой мраморной плите (среднее надгробие) надпись: «Нестор Карлович Генко. Родился 22 января 1839 г., скончался 28 января 1904 г. Любовь никогда не перестаёт». Теперь рядом с ним лежит его внук Нестор Несторович Генко (1906–1999), положивший начало французской ветви Генок.
Могила Н.К. Генко